MySQL作為流行的開源數據庫系統其歷史最早可以到大約40年前。
Michael“Monty” Widenius在1979年為TcX公司設計了一個叫做Unireg的報表工具，這就是MySQL最初的雛形。
Monty為滿足客戶的一個項目需求，毅然重新設計整個系統，1995年5月23日MySQL的第一個內部版本發行了，1996年對外公布了官方正式發行版(3.11.1)。
在接下來的兩年中，MySQL加入了不少新的特性，并被移植到不同的平臺，到1998年，MySQL能夠運行在Solaris、FreeBSD、Linux、Windows 95和Windows NT等10多種操作系統之上。1999的冬天，發布了包含事務型存儲引擎BDB的MySQL 3.23。
在2000年的時候MySQL將許可改換成了GPL許可模式，也就是說商業用戶也無需再購買許可證，這為MySQL的迅速流行打下了基礎。同年，芬蘭公司Heikki開始接觸MySQL AB，嘗試將Heikki的存儲引擎InnoDB整合到MySQL數據庫中，2001年推出正式結合版本MySQL 4.0 Alpha版本。2004年10月，發布了經典的4.1版本，第一次使得MySQL支持子查詢，支持Unicode和預編譯SQL等功能。
2005年10月，發布了里程碑的MySQL 5.0版本. 在5.0中加入了游標，存儲過程，觸發器，視圖、查詢優化以及分布式事務等，實現了"正常數據庫管理系統"應當擁有的一整套功能。至此，MySQL明確地表現出向高性能數據庫發展的步伐。
2008年初， Sun Microsystems用10億美元收購了MySQL。
2009年04月Oracle以74億美元收購Sun 公司，MySQL 轉入Oracle 門下。
2010年12月，MySQL 5.5發布，其主要新特性包括半同步的復制及對SIGNAL/RESIGNAL的異常處理功能的支持，InnoDB存儲引擎成為當前MySQL的默認存儲引擎。Oracle公司同時也承諾MySQL 5.5和未來版本仍是采用GPL授權的開源產品。
如今MySQL作為當今最流行的開源關系型數據庫，在2019年12月最新的db-engines數據庫流行度排行中僅次于oracle位居次席，在所有開源數據庫產品中排名第一。在市場使用率方面MySQL 以 38.9% 的使用率高居榜首，在全球最大網站Top20中，使用率高達90%。
利用MySQL可以滿足絕大多數對數據一致性要求較高的交易型應用場景需求，配合MongoDB和Redis等NoSQL內存數據庫和消息隊列等工具提供對消息推送、通知等場景支持，可以滿足構建各種規模的業務系統的需求。無論是高速發展的互聯網公司還是剛剛起步的初創公司，MySQL都將是他們最好的關系型數據庫選擇之一。
